《財政部、國家稅務總局關于進一步鼓勵軟件產業和集成電路產業發展企業所得稅政策的通知》（財稅〔2012〕27號）第三條規定，我國境內新辦的集成電路設計企業和符合條件的軟件企業，經認定后，在2017年12月31日前自獲利年度起計算優惠期，第一年至第二年免征企業所得稅，第三年至第五年按照25%的法定稅率減半征收企業所得稅，并享受至期滿為止。經認定的軟件企業，自獲利年度起可以享受兩免三減半稅收優惠。

　　最新下發的《國家稅務總局關于執行軟件企業所得稅優惠政策有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第43號）第一條規定，軟件企業所得稅優惠政策適用于經認定并實行查賬征收方式的軟件企業。第三條對“獲利年度”作出了詳細規定，即軟件企業的獲利年度，指軟件企業開始生產經營后，第一個應納稅所得額大于零的納稅年度，包括對企業所得稅實行核定征收方式的納稅年度。

　　該文件一出，引起很多爭議。很多人認為，原則上實行查賬征收方式的軟件企業才能自獲利年度起享受兩免三減半優惠，但由于獲利年度指包括實行核定征收方式的納稅年度，而核定征收方式的納稅年度肯定是“應納稅所得額大于零的納稅年度”，因此，實行核定征收方式的軟件企業也可以從實行核定征收方式的納稅年度開始享受兩免三減半優惠，即實行核定征收方式的軟件企業，也可以享受稅收優惠。

　　眾所周知，實行核定征收方式的企業不能享受企業所得稅稅收優惠，那么軟件企業是否是個特例？答案是否定的，這是對國家稅務總局公告2013年第43號的誤讀。

　　國家稅務總局辦公廳對國家稅務總局公告2013年第43號的解讀中提到，由于核定征收企業不能享受相關稅收優惠，企業所得稅實行核定征收方式的年度，由于存在事實上的應納稅額，因此，視為企業獲利年度的開始，此時由于企業不是查賬征收企業，不能享受軟件企業優惠。對于這種情況，5年減免稅的優惠期起始應從核定征收的年度計算。因此，實行核定征收方式的軟件企業，不能享受稅收優惠，但優惠期自實行核定征收方式的納稅年度算起，待改為實行查賬征收方式后，按照剩余年度繼續享受稅收優惠。

　　例如，某經認定的軟件企業2012年實行核定征收，2013年改為查賬征收，那么該軟件企業的獲利年度為2012年，由于2012年實行核定征收，不能享受優惠，但5年優惠期應自2012年算起，其享受稅收優惠的年度為2013年免征企業所得稅，2014年~2016年減半征收企業所得稅。